Progestérone, Ru-486, Lévonorgestrel et récepteur

Auteur : D. Raithouze Lycée Follereau Belfort

La comparaison des images des 2 molécules de progestérone et de RU-486 (exemple d’images obtenues ci-dessous) devient « classique ». Le logiciel Rasmenuf est fourni dans le C.D. d' »évaluations des capacités expérimentales » de même que les fichiers correspondants à ces 2 molécules dans la partie Procréation. Les fiches du TP contiennent également un mode d’emploi du logiciel Rasmenuf. Il est éventuellement possible d’aller plus loin en comparant une pilule du lendemain (le lévonorgestrel) avec la progestérone.

Si Ru-486 et lévonorgestrel et progestérone ont en commun un noyau stérol, les modes d’action sont cependant différents (surtout anti-progestatif pour le Ru-486 : antagoniste de la progestérone et agoniste de la progestérone pour le lévonorgestrel)

Il peut aussi être intéressant d’obtenir une image de récepteur à la progestérone (et aux 2 autres molécules) puisque la séquence peptidique admet un site spécifique de noyau stérol. Le fichier récupéré sur ce sujet (site GTD de SV) présentait un dimère (ce qui est sans doute complexe pour des élèves de TS) et était dépourvu de mode d’emploi. Cette dernière partie intéresse les élèves (c’est peut-être l’occasion de l’année d’entrevoir une relation hormone-récepteur) et amène des questions de leur part…

Pour obtenir (à partir du fichier initial du GTD SV) ce type d’image: Sous Rasmenuf, le fichier initial étant ouvert : taper au clavier (après l’invite RasMol>) restrict *A puis touche entrée (ce qui limite à la moitié du dimère). Puis Fichier Enregistrer sous NOM.PDB

Autre possibilité : télécharger (en bas de cette page) les 4 fichiers.

Dans les 2 cas le fichier étant ouvert sous Rasmenuf: Afficher : Rubans. Eventuellement suivi de Colorer  : les atomes puis En cours après avoir choisi la couleur (ou Colorer par type de résidu : Acides aminés si l’on souhaite avoir une idée de la nature du récepteur).

Pour faire apparaître le noyau stérol : taper au clavier (après l’invite RasMol>) Select STR1 puis touche entrée. Ensuite par exemple Afficher : liaisons en bâtons puis Colorer : les atomes et enfin En cours après avoir choisi une couleur.
Site du GTD de sciences de la vie : permet de télécharger les 4 molécules dont le dimère concernant le récepteur. Ce site renferme aussi un dossier complet sur ce sujet.

Télécharger le fichier progest.zip (de 41Ko) contenant les 4 molécules au format zip (progest.pdb,  levonorg.pdb, ru486.pdb,1recepro.pbp)