Auteur : Aurélien SUMKA – Professeur de SVT – Académie de Mayotte
1- Présentation :
PHYLOGENE est un logiciel qui permet d’établir des relations de parenté entre les Vertébrés actuels et fossiles à partir de données morphologiques, anatomiques et moléculaires.
PHYLOGENE est téléchargeable depuis le site de l’INRP : http://acces.inrp.fr/evolution/logiciels/phylogene/index_html
2- Objectifs pédagogiques :
Illustrations des thèmes : Le vivant et son évolution
Classe concernée : Cycle 4
Problème : comment établir et expliquer les relations de parenté entre les espèces ?
3- Activité envisageable :
Allumez l’ordinateur et identifiez-vous sur le réseau
Ouvrez le dossier « SVT » présent sur le bureau et lancez le logiciel « Phylogene »
Dans le menu en haut de l’écran, cliquez sur « Configuration » et cocher « Seconde » dans la fenêtre qui apparaît. Cliquez ensuite sur « OK »
Dans le bandeau en bas de l’écran, faites défilez les collections à l’aide des flèches 
ou 
pour sélectionner la collection « Vertébrés-Lycée » et cliquez sur le bouton « OK ».
–> Une liste de différentes espèces s’affiche.
Dans la barre d’outils en haut de l’écran, cliquez sur l’icône « Construire une matrice » 
Dans le bandeau en bas de l’écran, faites défilez les espèces à l’aide des flèches ou pour sélectionner les espèces suivantes, dans cet ordre : « Archaeoptéryx », « Caudiptéryx », « Coelophysis », « Compsognathus », « Pigeon »
–> Leur nom s’affiche en colonne dans le cadre blanc.
Dans la liste de caractères, cliquez ensuite, dans cet ordre, sur « Fenêtre mandibulaire », « Plumes », « Ailes », « Bréchet ».
–> Ces caractères s’affichent en ligne dans la fenêtre centrale
| La fenêtre mandibulaire correspond à une perforation latérale de la mandibule (os de la mâchoire) Le bréchet correspond à un os en forme de lame plate, situé au niveau du sternum, qui sert de fixation aux muscles des ailes |
Cliquez dans chaque case du tableau qui s’est formé dans la fenêtre centrale et choisissez pour chaque caractère la proposition qui est correcte chez l’espèce correspondante.
–> Pour cela, aidez-vous de l’image qui apparaît en bas à droite de l’écran. Pour observer cette image en grand format double-cliquez dessus
Lorsque toutes les cases sont complétées, cliquez sur le bouton « Vérifier » (en bas de l’écran).
Cliquez sur « OK » dans la fenêtre qui vous indique si le tableau est correct
–> Rectifiez les erreurs éventuelles et recommencez les étapes 8 et 9
Dans la barre d’outils en haut, cliquez sur l’icône « Etablir des parentés » 
Cliquez sur l’icône « Tracer les boîtes » 
situé dans la fenêtre gauche de l’écran.
Cliquez sur le titre de la 1ère colonne du tableau et observez le 1er groupe emboîté qui se forme dans la fenêtre à gauche de l’écran et l’arbre de parenté qui se construit progressivement dans la fenêtre à droite de l’écran.
Cliquez ensuite sur les titres des autres colonnes tout en observant pour chaque étape, les groupes qui emboîtés qui se forment et l’arbre de parenté qui se construit.
cliquez, dans la barre d’outils, sur l’icône « Copier » 
, puis sur « Copier le diagramme (boîtes) ».
–> Redimensionnez le cadre en pointillés au plus près des groupes emboîtés puis cliquez sur le bouton « OK ».
Réduire la fenêtre du logiciel à l’aide de l’icône en haut à droite de la fenêtre 
Ouvrez le dossier « Ressources » présent sur le bureau puis le dossier de votre classe (3ème1, 3ème2…) et finalement le fichier « Doc_Phylogene.doc »
Indiquez vos nom, prénom et classe dans le cadre grisé au-dessus de la feuille
Collez l’image à l’intérieur du cadre prévu dans le document puis double-cliquez sur cette dernière
Sélectionner l’onglet « Image » puis dans le menu déroulant « couleur », choisir « Noir et blanc » puis cliquez sur « OK »
–> L’image apparaît sans couleur au niveau des titres des groupes emboîtés
Remettre la fenêtre du logiciel Phylogène en plein écran en cliquant sur « Phylo » dans la barre des tâches en bas de l’écran
Cliquez, dans la barre d’outils, sur l’icône « Copier » , sur « Copier l’arbre… », puis sur « …à colorier ».
–> Redimensionnez le cadre en pointillés au plus près de l’arbre puis cliquez sur le bouton « OK »
Recommencez l’étape 16 puis remettre la fenêtre du traitement de texte en plein écran en cliquant sur « Doc_phylogene.doc » dans la barre des tâches en bas de l’écran et finalement recommencer l’étape 19.
Faites un aperçu avant impression du document puis APPELEZ LE PROFESSEUR
Après validation par le professeur, imprimez le document en un exemplaire.
Répondez aux questions 1 et 2 de la fiche « Activité 2 »
Recommencez l’étape 21
Faites un clic droit sur l’arbre de parenté (fenêtre de droite) et sélectionnez « Afficher les boîtes de l’arbre »
–>Les groupes emboîtés apparaissent sur l’arbre de parenté. Ceci permet de repérer les liens entre les groupes emboités et l’arbre de parenté
Cliquez sur chaque carré coloré de l’arbre de parenté pour découvrir le(s) caractère(s) présenté(s) par l’ancêtre de chaque nœud de l’arbre ainsi que son âge
Répondez aux questions 3 et 4 de la fiche « Activité 2 »
VALIDATION du B2I :
Cette activité peut également permettre de valider certaines compétences du B2I :
Par exemple, on peut demander à l’élève d’utiliser un traitement de texte pour répondre aux questions et ensuite imprimer son travail.
Niveau Ecole :
– Je sais allumer et éteindre l’équipement informatique ; je sais lancer et quitter un logiciel. (1.2)
– Je sais accéder à un dossier, ouvrir et enregistrer un dossier (1.4)
– Je sais utiliser les fonctions copier, couper, coller, insérer, glisser, déposer. (3.4)
– Je sais imprimer un document. (3.6)
Niveau Collège :
– Je sais m’identifier sur un réseau ou un site et mettre fin à cette identification (1.1)
– Je sais accéder aux logiciels et aux documents disponibles à partir de mon espace de travail. (1.2)
– Je sais paramétrer l’impression (prévisualisation, quantité, partie de document, …) (1.5)
– Je sécurise mes données (gestion des mots de passe, fermeture de session, sauvegarde) (2.6)
– Je sais regrouper dans un même document plusieurs éléments (texte, image, tableau…). (3.3)
– Je sais utiliser un outil de simulation (ou de modélisation) en étant conscient de ses limites (3.6)
Cette activité a nécessité la modification d’un fichier et l’ajout d’une nouvelle image.
Télécharger les documents de travail et les fichiers modifiés : 
Les documents de travail proposent une version du protocole conçue pour les collèges qui travaillent avec open office et la même version conçue pour les collèges qui travaillent avec word 2003. La différence entre ces deux protocoles étant juste la façon pour modifier l’image du tableau (pour enlever la couleur des titres).
L’image du crane « craCaudi.jpg » de caudipteryx (image auquel j’ai ajouté une légende pour voir la fenêtre mandibulaire) est à placer dans « Phylogene\Collections\Vertebres_Lycee\Carac-Images ».
Le fichier « vertebres_lycee.cph » (fichier modifié pour remplacer le « ? » par « absent » dans la matrice construite pour les animaux concernés) à placer dans « Phylogene\Collections\Vertebres_Lycee\Fichiers-Images ».
Bien évidemment, ces fichiers doivent écraser les précédents.
