Auteur : Stéphanie KACZMAREK – Professeur de SVT au Collège Victor Considérant – 39 SALINS
1- Présentation :
PHYLOGENE est un logiciel qui permet d’établir des relations de parenté entre les Vertébrés actuels et fossiles à partir de données morphologiques, anatomiques et moléculaires.
PHYLOGENE est téléchargeable depuis le site de l’INRP : http://acces.inrp.fr/evolution/logiciels/phylogene/index_html
2- Objectifs pédagogiques :
Illustrations des thèmes : Le vivant et son évolution
Classe concernée : Cycle 4
Le logiciel Phylogène permet de comparer les caractères de différentes espèces.
3- Activité envisageable :
Cliquez sur l’icône “Phylogène”.
Dans le bandeau en bas de la fenêtre, sélectionnez la collection “Vertébrés actuels/fossiles bis” et cliquez sur le bouton “OK”. Une liste de différentes espèces s’affiche.
Les espèces étudiées sont Archaeopteryx, Caudipteryx, Coelophysis, Compsognathus et Pigeon.
Cliquez sur l’image de chaque animal pour l’observer. Les flèches 
et 
permettent de faire défiler le bandeau des espèces.
Dans la barre d’outils en haut, cliquez sur l’icône “Construire une matrice” 
.
Dans le bandeau, sélectionnez les cinq espèces à étudier. Leur nom s’affiche en colonne dans le cadre blanc.
Dans la liste de caractères, cliquez ensuite sur “Trois doigts sur le sol”, “Ailes”, “Plumes”. Ces caractères s’affichent en ligne dans le cadre blanc.
Cliquez dans chaque case du tableau qui s’est formé ainsi et choisissez pour chaque caractère s’il est présent ou absent chez l’espèce correspondante. (Pour cela, vous pouvez vous aider de l’image qui apparaît en bas à droite de l’écran).
Lorsque toutes les cases sont complétées, cliquez sur le bouton “Vérifier”. Rectifiez les erreurs éventuelles puis cliquez à nouveau sur “Vérifier”.
Cliquez ensuite dans la barre d’outils sur l’icône “Classer” 
afin de créer des groupes emboîtés.
En bas à gauche, cliquez sur l’icône “Organiser le tableau” 
puis cliquez sur chaque titre de colonne du tableau et faites les glisser afin de les ranger du maximum de caractères communs au minimum.
Cliquez sur l’icône “Afficher les boîtes” 
et cliquez sur chaque titre de colonne pour créer la boîte correspondant aux espèces possédant ce caractère.
Afin d’obtenir des groupes emboîtés, cliquez sur les boîtes et faites les glisser les unes dans les autres. Vous devez alors obtenir des groupes emboîtés où chaque espèce n’est inscrite qu’une fois. Cliquez sur le bouton “Vérifier”.
Dans la barre d’outils, cliquez sur l’icône “Établir des parentés” 
et cliquez sur “Oui” pour conserver l’ordre des colonnes et des lignes de votre tableau.
Cliquez sur l’icône “Tracer les boîtes ” et construisez à nouveau les groupes emboîtés tout en regardant à chaque étape l’arbre de parenté qui se construit progressivement à droite de l’écran.
Pour conserver votre travail, cliquez, dans la barre d’outils, sur l’icône “Copier” 
, sur “Copier le diagramme (boîtes)”. Redimensionnez le cadre en pointillés au plus près des groupes emboîtés puis cliquez sur le bouton “OK”.
Lancez le logiciel Photofiltre.
Cliquez ensuite dans la barre de menu sur “Edition” puis sur “Coller en tant qu’image”.
Enlevez la couleur des groupes emboîtés à l’aide de l’outil remplissage en blanc.
Copiez l’image puis collez-la dans un document Texte que vous enregistrez aussitôt dans “Mes documents”.
Dans Phylogène, cliquez, dans la barre d’outils, sur l’icône “Copier” , sur “Copier l’arbre…”, sur “…à colorier”. Redimensionnez le cadre en pointillés au plus près de l’arbre puis cliquez sur le bouton “OK” et collez-le dans votre document Texte.
Ajoutez votre nom et votre prénom ainsi qu’un titre (groupes emboîtés ; arbre de parenté) en dessous de chacun des deux documents que vous avez collés.
Appelez le professeur pour vérification puis lancez l’impression.
1- Montrez qu’il existe une parenté entre ces cinq espèces.
2- Indiquez les caractères nouveaux que possède Archaeopteryx.
3- Sur le document des groupes emboîtés, coloriez les caractères (chaque titre de groupe emboité) avec des couleurs différentes.
Sur les “branches” de l’arbre de parenté, tracez un trait coloré horizontal indiquant l’apparition de chaque caractère (respectez les couleurs précédentes).
4- A l’aide des documents de votre livre p 134, indiquez un autre caractère que possède le pigeon. Placez alors ce caractère sur l’arbre de parenté en rajoutant un trait de couleur et en ajoutant une légende pour ce caractère.
5- A l’aide des documents de votre livre p 135, complétez vos groupes emboîtés en y rajoutant deux noms de fossiles ainsi que la date à laquelle ils ont vécu.
Pour bien repérer les liens entre l’arbre de parenté et les groupes emboîtés, cliquez, dans Phylogène, sur “Choix” en dessous de l’arbre puis sur “Afficher les boîtes de l’arbre”. Les correspondances s’affichent en couleurs.
VALIDATION du B2I :
Cette activité peut également permettre de valider certaines compétences du B2I :
Par exemple, on peut demander à l’élève d’utiliser un traitement de texte pour répondre aux questions et ensuite imprimer son travail.
Niveau Ecole :
– Je sais allumer et éteindre l’équipement informatique ; je sais lancer et quitter un logiciel. (1.2)
– Je sais accéder à un dossier, ouvrir et enregistrer un dossier (1.4)
– Je sais utiliser les fonctions copier, couper, coller, insérer, glisser, déposer. (3.4)
– Je sais imprimer un document. (3.6)
Niveau Collège :
– Je sais m’identifier sur un réseau ou un site et mettre fin à cette identification (1.1)
– Je sais accéder aux logiciels et aux documents disponibles à partir de mon espace de travail. (1.2)
– Je sais paramétrer l’impression (prévisualisation, quantité, partie de document, …) (1.5)
– Je sais regrouper dans un même document plusieurs éléments (texte, image, tableau…). (3.3)
– Je sais traiter une image à l’aide d’un logiciel dédié notamment pour modifier ses propriétés élémentaires. (3.7)
Cette activité a nécessité la modification de quelques fichiers et l’ajout de nouvelles images.
Télécharger les document modifiés : 
Contenu des documents modifiés :
Les 10 images sont à placer dans “Phylogene/Collections/Vertebres-actuels-fossiles/Carac-Images”.
Le fichier vertebres-actuels-fossiles.cph est à coller dans “Phylogene/Collections/Vertebres-actuels-fossiles/Fichiers-Images”
Remarque : vous devez remplacer le fichier cph par celui-ci, mais vous pouvez conserver le fichier .cph original quelque part, au cas où.
