Depuis quelques mois, Paul Pillot développe un nouveau logiciel de visualisation moléculaire en ligne.
L’objectif est de mettre entre les mains des élèves un outil qui leur permette de se concentrer sur les problèmes biologiques à résoudre plutôt que les obstacles techniques à surmonter pour y-arriver.
Ce logiciel libre est accessible en ligne (pas besoin d’installation) à l’adresse suivante : https://libmol.org
Il faut avoir un navigateur récent (Chrome, Firefox, Edge, Safari ; IE11 pose des problèmes de lenteur et d’affichage) et un ordinateur (les tablettes ce sera pour plus tard) pour y accéder. Pour ceux qui ne pourraient pas compter sur une connexion internet fiable en classe, un clone installable devrait être disponible d’ici à la rentrée 2017.
L’application est toutefois suffisamment légère (500ko de chargement de page, ce qui est équivalent à la page d’accueil de google.com) pour pouvoir envisager son utilisation en ligne dans bien des cas.
Les caractéristiques de ce logiciel
L’interface est conçue pour fournir des explications aux élèves sur ce qu’ils sont en train de voir et de faire. Les fonctions actives apparaissent en surbrillance. Les symboles des chaînes sont par exemple accompagnés par leurs noms complets au survol (dans l’illustration, au survol d’un atome d’une chaîne apparaît le résidu auquel il appartient et le nom de la chaîne correspondante, ici hemoglobin beta chain). L’action sur un bouton affiche dans le cadre inférieur gauche une aide pour expliciter ce qui est réalisé. Les légendes de couleurs sont présentées dans la barre de statut.
Une des difficultés importante pour les élèves dans une utilisation avancée, est de réaliser des sélections d’un ou plusieurs résidus. Libmol intègre pour cela un mode Séquence qui permet interactivement de faire la relation entre la séquence des chaînes et les résidus qui la constituent.
Au survol d’un résidu ou d’une chaîne, son nom s’affiche et il est mis en surbrillance dans la fenêtre de visualisation. Une sélection par clic est possible afin d’appliquer un mode de représentation ou de coloration. Un clic droit donne la possibilité de cacher le résidu/la chaîne ou le reste du modèle. Dans l’illustration ci-dessous seule la chaîne B est affichée (fonction « Masquer le reste ». Les acides aminés GLU6 ont été sélectionnés, affichés en sphères et colorés en vert.
Il est possible de mesurer des distances entre atomes en passant par le menu Distances, puis en cliquant sur les atomes concernés. Les mesures s’affichent dans une fenêtre, où elles peuvent être conservées ou supprimées en cas d’erreur.
Et pour ceux qui ne pourraient pas se passer d’utiliser une ligne de commande afin de réaliser une sélection, l’option est toujours disponible mais elle s’accompagne de suggestions en cours de frappe, tenant compte de la composition du modèle (ne propose que des noms de résidus ou de chaînes effectivement présents). La sélection en cours est visible de façon interactive.
Il est également possible de mettre en évidence les résidus qui se trouvent au contact d’une chaîne ou bien d’un autre résidu et de déterminer quelles sont les interactions chimiques au niveau de ce contact.
La fonctionnalité est accessible par menu contextuel (clic droit) dans la fenêtre de visualisation ou bien dans la fenêtre de séquence. Un panneau supplémentaire a été également ajouté pour définir le contact voulu à partir de menus.
Les caractéristiques de la représentation (apparence, coloration, etc…) peuvent être modifiées via le panneau « interactions » où s’affiche également la liste des paires de résidus impliquées dans le contact.
Pour en savoir plus, vous pouvez bien sûr explorer le logiciel, et éventuellement utiliser sa fiche technique.
Vous pouvez également participer aux échanges dans le fil du Forum National consacré à Libmol : http://forum-svt.ac-toulouse.fr/viewtopic.php?p=106528#p106528
